天然水晶除含杂质外还含有包裹体。包裹体，有气态的、液态和固态的。固态包裹体中常见的有云母、电气石、角闪石、阳起石、石棉、长石、金红石、萤石、石榴石等。偶尔在水晶中见有美丽的金红发晶，被人们誉为维纳斯的头发，这种水晶十分珍贵和稀少。有时水晶中含有细如毫发的石棉等包裹体，形成闪光的、颜色变幻的水晶，有的像猫或老虎的眼睛，所以称为水晶猫眼石或水晶虎睛石。水晶中含有气、液包裹体时就更使人感兴趣了。有人测得水晶中的液体水为重水。含有液体水包裹体的水晶，俗称为“水胆水晶”。被认为是稀世之宝。在北京的中国地质博物馆内，收藏着拳头大的水胆水晶，内有直径约3厘米的水胆。水胆水晶中以水多、胆大为好，是工艺雕刻的珍贵材料。